Предприятие было организовано 21 октября 1988 года как городской Центр научно-технического творчества молодежи "Физтех". Генеральным директором фирмы стал и является им до сих пор выпускник Московского физико-технического института кандидат технических наук Караваев А.Д.

В дальнейшем согласно регулярно изменявшемуся законодательству СССР и России Центр изменял свою организационно-правовую форму и полное название. Так в 1990 году он был преобразован в Научно-производственный центр "Физтех" (учредитель Московский физико-технический институт), в 1994 году зарегистрирован как Акционерное общество закрытого типа "НПЦ Физтех" и, наконец, в 2000 году сменил полное название на Закрытое акционерное общество "НПЦ Физтех".

С момента создания фирма вела деятельность по нескольким направлениям:

- научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы;
- торговля электронной техникой и медицинским оборудованием;
- разработка и выпуск наукоемкой продукции;
- издательская деятельность;
- ремонтно-строительные работы;
- переработка и торговля нефтепродуктами.

Заказчиками "НПЦ Физтех" в разное время были:

ГВЦ Минфина РФ;
Институт высоких температур РАН;
Государственный научно-исследовательский центр изучения природных ресурсов;
Центральная аэрологическая обсерватория;
Омский электро-механический завод;
НИИ радиооптики;
ЗИЛ;
Конструкторское бюро "Салют";
НИИ ПММ МГТУ им.Баумана;
Физико-технологический институт РАН;
ОАО ЦКБ "Алмаз";
Институт системного анализа РАН;
НПФ "Космос";
Научно-исследовательский инженерный институт;
Межрегиональное внедренческое НПО "Техно-система";
НИИ МЭИИТ;
Московский физико-технический институт (МФТИ)
Учебно-научно-производственный комплекс МФТИ
РАО "ЕЭС России"

Разработанный центром в 1990 году и выпускавшийся затем серийно модем "Физтех-1200" был признан лучшим в то время отечественным модемом, не уступавшим по характеристикам зарубежным аналогам.

В 1991 году редакционно-издательский отдел НПЦ "Физтех" выпустил книгу "Введение в схемотехнику ПЭВМ РС/АТ". В ее основу был положен материал курсов по схемотехнике компьютеров рассчитанный на профессиональных пользователей, разработчиков микропроцессорной техники и программистов. Эта книга была уникальным для того времени изданием и при тираже 50.000 экз. мгновенно разошлась по всему Союзу.

За всю историю фирмы на ней работало в составе временных творческих коллективов свыше 5000 человек, выполнено 340 НИР и ОКР.

В настоящее время основными производственными направлениями деятельности фирмы являются:

- научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы;
- разработка программного обеспечения;
- создание научно-технической продукции;
- развитие бизнеса в Интернете;
- реализация Московской городской благотворительной программы "Создание клубов технического творчества для детей и подростков города" (ЗАО НПЦ "Физтех" утвержден головным исполнителем этой программы с объемом 143,5 млн.руб.);
- ремонтно-строительные работы;
- переработка нефти, торговля нефтепродуктами.

При учредительстве НПЦ "Физтех" создано 5 малых предприятий и 3 благотворительных фонда ("Русская соборность" , "Исцеление" и "Познание"), ведется совместная деятельность с вузами и предприятиями по подготовке кадров по актуальным направлениям деятельности фирмы.